XIV‑XV в. ознаменовались появлением первых реальных, а не легендарных, школ японских бу‑дзюцу. Хотя некоторые рю (например, уже упоминавшиеся Кёхати‑рю, Ёсицунэ‑рю или Кусуноки‑рю), и выводят свои истоки из времен незапамятных, реально их существование по источникам прослеживается не ранее XV‑XVI вв.

В списке «Тайхэйки» храма Сайгэн‑ин сообщается, что синоби Кумавака проник в покои Хоммы Сабуро и убил его.

Начиная с периода Намбоку‑тё, упоминания о действиях ниндзя то и дело появляются на страницах летописей и воинских повестей. Считается, что впервые слово «синоби» использовалось в значении «шпион» в знаменитой эпопее «Тайхэйки».

Предания семей ниндзя из Ига и Кога позволяют предположить, что они сражались на стороне Южного двора и после гибели легендарного Кусуноки Масасигэ.

Одним из героев борьбы с Ходзё был третий сын Годайго принц Моринага по прозванию «Дайтономия» – «Дворец с большой пагодой».

Начиная борьбу с могущественными Ходзё, император Годайго рассчитывал получить поддержку со стороны буддийских монастырей и объединений ямабуси.

30‑е гг. XIV в. ознаменовались яростной борьбой между императорской фамилией и захватившей власть в сёгунате семьей регентов Ходзё за власть в стране. События 1333‑1336 гг. в японской истории получили название реставрации Кэмму – по девизу правления императора Годайго. Хотя Годайго сумел разгромить Ходзё и на некоторое время установил прямое императорское правление, удержать власть ему не удалось, так как против него восстала новая могучая сила – знатный самурайский клан Асикага во главе с Такаудзи. При поддержке многих самурайских родов Такаудзи в 1336 г. основал сёгунат Асикага, или Муромати – по названию сёгунской ставки в столице Киото. Однако военные действия продолжались еще несколько десятилетий.

Чтобы легитимизировать свою власть Такаудзи возвел на трон своего ставленника из так называемой «северной» ветви императорской семьи. В то же время потомки Годайго, или «южный» двор, укрепились в Ёсино. Период борьбы между этими ветвями, продолжавшийся с 1336 по 1392 г., известен под названием «Намбоку‑тё» – период «Южной и Северной династий».

С событий реставрации Кэмму начинается «золотой век» нин‑дзюцу, отряды ниндзя появляются практически во всех армиях, создаются первые агентурные сети. Вообще этот период весьма знаменателен в истории военного искусства Японии. Именно в это время возникают первые школы (рю) бу‑дзюцу. Одной из них была Катори Синто‑рю, оказавшая огромное влияние на все боевые искусства страны Восходящего солнца.