Всерьез ниндзя начинали тренироваться, когда им исполнялось восемь лет. До этого маленького ребенка готовили к будущему тренируя его, по сути, еще в люльке: ее раскачивали так сильно, что она ударялась боками о стены, и малыш, еще не понимая, в чем дело, учился группироваться таким образом, чтобы эти удары причиняли ему как можно меньше неудобств.

Кроме этого ребенок до восьми лет учился читать, писать, имитировать звуки, издаваемые животными и птицами, бросать камни, лазать по деревьям, но самое главное - он свыкался с мыслью, что его путь - путь воина-ниндзя, и учился гордиться этим. Когда ребенку исполнялось восемь лет, его тренировки несколько видоизменялись.

Существовали три типа тренировок: тренировка чувства (shinren), тренировка тела (tairen) и тренировка ума (chiren). 

Тренировка тела включала в себя формирование и развитие каждой части тела - развитие не какой-либо одной, а нескольких функций каждого органа, что превращало тело, по сути, в настоящее оружие, которое человек всегда имеет с собой. Тренировка готовила тело ниндзя к той работе, которую он должен был выполнять постоянно, помогала выдерживать те наказания, которые к нему когда-нибудь могли быть применены.

Тренировка ума готовила ниндзя к познанию стратегии и тактики, медицины, ядов и взрывчатых веществ, к предсказанию погоды, к изучению символики, диалектов, религии, к хозяйствованию, игре на музыкальных инструментах, танцам, пению и философии. Маскируясь, ниндзя не только был похож на человека, которого играл, но и был в состоянии выполнять работу, соответствующую его роли.