Область в Южной Японии, известная как префектура Мнэ, была тем местом, где впервые были использованы пришедшие из Китая методы тренировки и ведения войны. Это новшество было введено людьми клана Ига.

В 593 г. н. э. великий японский принц Сетоку приказал использовать ниндзя для доставки сообщений и шпионажа. 

Когда в 794 г. столица Японии была перенесена из Нара в Киото, группы этих людей были посланы в новую столицу собирать информацию и подавлять протесты.

С этого момента и до окончания эпохи Муромати в конце XVI в. эти секретные группы использовались династиями правителей и сегунов, но не были известны широкой публике. 

Они оставались неизвестными до начала эпохи Сингоку, когда слово "ниндзя" узнали многие, когда использование в своих целях "людей тьмы" стало широко применяться, когда наступил золотой век ниндзя.

После падения дома Муромати Япония была ввергнута в пучину бунтов и войн. Страна была разделена на маленькие районы, каждый из которых управлялся господином, пытавшимся раздвинуть границы своих владений. Эта война повлекла за собой всеобщий упадок законности и порядка.  

Грабеж, смерть, насилие, отсутствие морали и благонадежности привели к ситуации, когда побеждает сильнейший.

В течение сотен лет ниндзя можно было нанять, но только теперь они стали так необходимы различным сегунам, которым надо было знать силу врага и время его нападения. Такая информация, конечно же, должна была быть, во-первых, точной, а во-вторых, полученной вовремя. И лучше ниндзя этих задач никто решить не мог.