В период Камакура (1192‑1333) в Японию проникает Дзэн‑буддизм. Дзэн оказал колоссальное влияние на всю воинскую традицию Японии и в том числе на нин‑дзюцу.
В это же время в стране Восходящего солнца развернулось движение акуто – «бандитских шаек». Акуто быстро переросли в группы военных наемников, единственным средством существования которых стала военная служба. Таким образом сложились предпосылки для существования самой профессии ниндзя и для возникновения «шпионских бюро» на основе нескольких старинных кланов, издревле пестовавших искусство шпионажа.