Вторая половина периода Хэйан характеризовалась ослаблением центральной власти и разгулом бандитизма. Разбойники, в одиночку и шайками, то и дело нарушали покой столицы. Некоторые из них использовали «в работе» столь хитроумные уловки и хитрости, которые под стать настоящему ниндзя.

Предания жителей уезда Кога, находившегося на юге провинции Оми, к северу от Ига, донесли до наших времен имя легендарного военачальника Кога Сабуро Канэиэ, которого традиция нин‑дзюцу почитает как основателя школы Кога‑рю.

К периоду Хэйан некоторые источники относят и мятеж Фудзивары Тикаты, во время которого загадочная группа из 4‑х «чертей» немало поизмывалась над правительственными войсками.

В начале периода Хэйан на основе традиционной астрологии, магии и гаданий по книге «И‑цзин» в Японии сложилось специфическое религиозное учение, называемое «онмёдо» – «Путь инь (яп. ин, он) и ян (яп. ё, мё)».

Феодальные распри способствовали развитию в среде ямабуси особого военного искусства, получившего название «ямабуси‑хэйхо» – «стратегия ямабуси».

Нечто похожее на ситуацию с буддийскими монастырями происходило и с сюгэндо. В период Хэйан после прекращения гонений сюгэндо сильно укрепило свои позиции.

Авторы некоторых работ по истории нин‑дзюцу приписывают сотворение этого искусства монахам‑воинам.

Период Хэйан (794‑1192) стал временем глобальных перемен, которые во многом предопределили развитие военного искусства в Японии. В это время в стране Восходящего солнца появляются военное сословие самураев и полчища монахов‑воинов – главные игроки на сцене японской военной истории. К этому же периоду относятся первые упоминания о семьях Кога и Хаттори, которые позже становятся основными носителями традиции нин‑дзюцу. Тогда же формируется военное искусство ямабуси, оказавшее огромное влияние на всю японскую традицию военного дела. На основе гаданий по книге «И‑цзин», традиционной астрономии, астрологии и магии складывается особое учение «Онмёдо» – «Путь инь и ян», оставившее заметный след в нин‑дзюцу. Методы шпионажа активно используются и самураями, и монахами‑воинами, и ямабуси, и разбойниками, коих немало было во второй половине периода Хэйан, ознаменовавшейся кризисом центральной власти.